Johann Schmidt s'est injecté de lui-même une version qu'il savait inachevée du sérum du super-soldat développé par le docteur Abraham Erskine. À la suite de cela, il acquit une force physique, une vitesse ainsi qu'une endurance presque équivalente à celle qu'obtiendrait plus tard Steve Rogers, au détail près que pour Schmidt, l'injection ne fut pas sans dommages collatéraux. Dégradée par l'altération chimique, l'apparence physique du leader de l'Hydra s'en trouva à jamais marquée, comme si désormais, son visage se devait de refléter la noirceur d'âme de Johann. Tel celui d'un écorché vif, le faciès du pire ennemi de Captain America prit une teinte sanguine, lui ôtant toute beauté, toute noblesse, ne laissant qu'un crâne rouge au fanatique nazi, qui fit de son physique décharné sa nouvelle identité.
Bien que rien ne soit jamais venu le confirmer, le sérum pourrait également avoir légèrement amélioré les facultés intellectuelles du stratège teuton, repoussant les limites de ses capacités d'anticipations et de son sens de la gestion.

En terme de savoir pratique, Crâne Rouge est un expert de la stratégie militaire, de l'espionnage et du camouflage. Formé à l'utilisation des armes blanches et à feu, son expérience du combat au corps-à-corps lui confère généralement l'avantage face à quiconque ne dispose pas de son savoir-faire en la matière. Scientifique dans l'âme, Schmidt dispose d'une bonne culture générale, sans pour autant rivaliser avec un ingénieur. Il comprend ce qu'on lui explique, sans pouvoir créer de lui-même. Gestionnaire et leader de l'Hydra, il dispose des ressources de son organisation pluricéphale pour arriver à ses fins.

Avant de devenir l'homme de confiance d'Hitler, Johann Schmidt n'était qu'un orphelin battu et humilié par les autres garçons de l'établissement où on l'avait placé. Né au début de la première guerre mondiale en Allemagne, sa venue au monde coûta à sa mère la vie, en dépit de tous les efforts déployés par l'obstétricien pour la sauver. Son père, alcoolique, tomba alors en dépression, et, suivant une logique pervertie par le désespoir, en vint à penser que le meilleur moyen de régler ses problèmes serait de noyer son fils. Tiré des eaux et sauvé par un passant, Johann fut aussitôt retiré à sa famille, et placé en foyer, où son existence ne s'améliora pas d'un pouce. Rudoyé au quotidien, influencé par la sombre orientation qu'avait prise son existence dès sa première année de vie, le jeune allemand considéra très tôt que chaque être humain lui en voulait, et qu'en tout individu sommeillait son ennemi. Quittant l'orphelinat pour échapper aux coups et aux humiliations, le garçon échoua dans la rue d'une Allemagne saignée à blanc, mendiant ou volant lorsqu'une belle occasion se présentait. Enchaînant de menues travaux pour un salaire dérisoire, Johann trouva, à seize ans, une place comme nettoyeur de carreaux dans un magasin tenu par un juif. La fille de ce dernier ne tarda guère à éprouver de la sympathie pour le pauvre bougre, qui, en retour, crut qu'une idylle naissait entre elle et lui. Un soir, l'orphelin tenta sa chance, insistant avec violence auprès de celle qu'il pensait l'aimer, n'essuyant qu'un pénible et humiliant refus. La déception de trop, pour le jeune homme, qui sentit un voile rouge obscurcir sa vision. S'emparant d'une serviette humide, Johann Schmidt commit, à seize ans, son premier meurtre, étouffant une jeune femme n'ayant eu pour seul tort que de se refuser à lui.

En 1933, à l'instar de nombre de ses compatriotes, Johann est intégré de force au parti Nazi fondé par Adolf Hitler, une idéologie dans laquelle il se retrouve, et adhère d'emblée. Croyant que le parti va le tirer de sa misère quotidienne, le jeune adulte réalise rapidement qu'on ne lui propose à aucun moment de prendre une part active dans l'évolution du nazisme. Déterminé à devenir un S.S. , Johann se fera passé pour un simple groom lors du passage du Furher dans un hôtel. Sa chance se manifestera lorsque, ulcéré d'apprendre qu'un de ses agent a échoué à capturer un espion ennemi, Hitler affirmera haut et fort que lui saurait faire d'un simple groom un meilleur officier que le fautif. Le prenant au mot, Johann accepta l'offre qui lui avait été ironiquement tendue, et débuta sa formation. Modelant ce modeste membre du parti à son image, le leader du Reich amputa Schmidt de ce qu'il lui restait d'humanité au travers de bourrage de crâne et d'endoctrinement idéologique. Lui rabâchant indéfiniment que la finalité du nazisme était d'amener l'être supérieur à diriger le monde, Hitler convertit tant et si bien son disciple que l'élève dépassa le maître. Là où Adolf ne voyait les mythes et les légendes que comme un outil de manipulation, son agent lui, croyait en leur existence physique. Fasciné par l'ésotérisme et le mysticisme, Johann Schmidt devint le directeur de l'Hydra, une branche militaire scientifique chargée de mieux armer les soldats allemands en puisant dans des découvertes mêlant science et surnaturel. Ne répondant qu'au Furher lui-même, Schmidt prit très à cœur sa mission. Un peu trop, puisque, finissant par considérer qu'Hitler n'allait pas au bout de ses propres idées, le leader de l'Hydra se coupa du régime et de l'armée, fondant une organisation articulée autour du culte de la puissance et de son dirigeant.

C'est à cette époque, alors que la seconde guerre mondiale bat son plein, que Crâne Rouge nait. Abraham Eskrine venait tout juste d'être tiré des griffes d'Hydra par les alliés, qui redoutaient de voir l'Axe bénéficier des progrès technologiques menés par la secte de la pieuvre. Ignorants que Schmidt ne compte pas laisser le troisième Reich être dirigé par un incapable, les États-unis extradent le chercheur allemand et lancent le programme super-soldats tandis que Crâne Rouge, secondé par Arnim Zola, se lance en quête d'un artéfact dont la puissance lui conférerait une victoire totale : le Cube Cosmique. Dénichant le Tesseract dans une ancienne église hollandaise, l'orphelin devenu l'un des plus puissants hommes d'Europe charge son ingénieur en chef de tirer du Tesseract un moyen de vaincre toute opposition, dotant les soldats d'Hydra d'armes à rayon révolutionnaires. Certain d'approcher de son objectif, l'ancien instrument d'Hitler tombera sur un adversaire de premier ordre : Captain America. Son égal, tout en personnifiant l'opposé de sa psychologie. Le premier super-héros de l'Histoire et sa Némésis lutteront alors qu'autour d'eux, la guerre connait son crépuscule, aboutissant à une victoire pour les alliés, qui leur coûtera cependant leur héros. Pulvérisé par une décharge d'énergie provenant du Cube, Crâne Rouge est considéré comme disparu, mort pour de bon.

Les décennies filèrent sans que le nom de Johann Schmidt ne réapparaisse. Dépossédée de son charismatique leader, l'Hydra périclita, ses dirigeants par intérim n'ayant de cesse de ramener du royaume des morts le légitime dirigeant de l'organisation, élevé au rang de divinité par les adeptes endoctrinés de la pieuvre. Tandis que les vengeurs se forment, que Steve Rogers s'éveille de son long sommeil, la tentaculaire hydre met la touche finale à son tout dernier projet : réincarner Crâne Rouge. Pulvérisé, ce dernier ne subsistait plus que sous forme de vague trace d'énergie résiduelle errant dans l'immensité de l'univers. Les progrès et découvertes de la technologies avaient rendu possible la création d'une enveloppe mâture analogue à celle de Johann après son injection du simili-sérum de super-soldat ; la difficulté persistante résidait dans la mémoire et la personnalité hors-du-commun de l'homme, impossible à répliquer sans modèles ou archives fidèles. Fut donc tenté un transfert de ce qu'il restait du Crâne Rouge original dans son nouveau vaisseau de chairs et d'os, médié par la somme des connaissances ésotériques rassemblées par l'Hydra au cours des ans. À l'incrédulité générale, la greffe pris, car, de son côté, le résidu d'esprit criminel luttait depuis sa désintégration pour revenir sur Terre. Fier d'avoir fondé une organisation assez autonome pour réussir à le ressusciter en son absence, Johann battit le rappel des troupes, s'enferma dans son bureau de longues semaines, pour n'en ressortir qu'une fois au fait des actualités. Son intellect puissant assimila soixante-dix années d'événements, découvertes et autres changements de mœurs comme un affamé engloutirait un banquet. Sinistre et plus que jamais prêt à concrétiser ses plans de conquête du monde, Crâne Rouge guette désormais avec un délicieux frisson le jour savoureux où son plus vieil adversaire tombera nez-à-trous sur son inimitable silhouette.

Ce jour-là, les Vengeurs tomberont, puis le monde entier les suivra dans le précipice.